Explore DBNascent | browse or search sample metadata
Search
All Samples
Samples By Dataset
Advanced Search
Paper identifier | Protocols | Organisms | Published | Median QC score |
ATAC-seq | RNA-seq | ChIP-seq | 3D seq | Other seq |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Aeby2020decapping | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
Agarwal2021kdm1a |
Bru-seq, GRO-seq |
M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Aho2019displacement | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Akulenko2018transcriptional | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | No | No | Yes |
Alexander2019imprinted | PRO-seq | M. musculus | No | 2.0 | No | No | No | No | No |
Alhusini2017genomewide | GRO-seq | S. cerevisiae | Yes | 4.5 | No | No | No | No | No |
Allen2014global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | Yes |
Anderson2020defining | PRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Andersson2014nuclear | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
Andrade2015dna | Bru-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | No | No | No |
Andrysik2017identification | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Aoi2020nelf |
PRO-seq, PRO-cap |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Aprile-garcia2019nascent | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | No |
Ba2020ctcf | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | Yes |
Bahat2019targeting | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Barbieri2020rapid | GRO-seq variant | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
Barucci2020small | PRO-seq | C. elegans | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Beckedorff2020human | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
Bi2020enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Birkenheuer2018herpes | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
Birkenheuer2020rna | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
Blumberg2021characterizing | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
Boija2017cbp | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | Yes |
Bonelt2019precocious | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Booth2016divergence |
PRO-cap, PRO-seq |
S. cerevisiae, S. pombe |
Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
Booth2018cdk9 | PRO-seq | S. pombe | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Bouvyliivrand2017analysis | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Boxer2020mecp2 | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
Busslinger2017cohesin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Cardamone2018mitochondrial | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | No |
Cecere2013zfp1 | GRO-seq | C. elegans | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Cecere2014global | GRO-seq | C. elegans | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Chen2014gene | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Chen2015paf1 |
GRO-seq, RNA-seq variant |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Chen2016cutoff | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Chen2017rchip | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Chen2018augmented | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Chen2018rna | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.5 | No | No | No | No | Yes |
Chivu2020unpublished | ChRO-seq |
H. sapiens, E. caballus |
No | 0.0 | Yes | No | Yes | No | Yes |
Chu2018chromatin |
ChRO-seq, ChRO-seq variant, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
Compagno2017phosphatidylinositol | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | No | No | No | Yes |
Core2008nascent | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Core2012defining | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Core2014analysis |
GRO-seq, PRO-seq, GRO-cap |
H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | No | No | No |
Cosby2021recurrent | PRO-seq | M. velifer | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Cuartero2020control | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | Yes | No |
Czimmerer2018transcription | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Dai2020loop | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | Yes |
Daniel2018nuclear | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Danko2013signaling | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Danko2015identification | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Danko2018dynamic | PRO-seq |
H. sapiens, M. mulatta, M. musculus, P. troglodytes, R. norvegicus |
Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Delgado-benito2018chromatin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Dorighi2017mll3 | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
Douillet2020uncoupling | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Duarte2016transcription | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
Dukler2017nascent | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
Duttke2015human |
GRO-cap, GRO-seq |
H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Duttke2017unpublished |
GRO-cap, GRO-seq |
D. melanogaster | No | 3.5 | No | No | No | No | No |
Elkon2015myc | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Elrod2019integrator | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Emmett2017histone | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Engreitz2016local | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Erhard2015nascent | GRO-seq | Z. mays | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Escoubet-lozach2011mechanisms | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Esousa2019kinetics | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
Estaras2015smad | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Etchegaray2019histone | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Fan2020drb |
PRO-seq, TT-seq, other |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Fang2014circadian | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | Yes |
Fant2020tfiid | PRO-seq |
H. sapiens, D. melanogaster |
Yes | 3.5 | No | No | No | No | No |
Fei2018ndf | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Fleischer2017dna | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | No | No | Yes |
Flynn20167skbaf | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | Yes | No | Yes | No | Yes |
Fong2014pre | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
Fong2017rna | NET-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | No |
Fonseca2019diverse | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | No |
Franco2015tnfalpha | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
Franco2018enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Fuda2012fcp1 | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 4.5 | No | No | No | No | No |
Fuda2015gaga | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Galbraith2013hif1a | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Gally2020gain | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | Yes | No | No | No | Yes |
Gao2017thyroid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Gao2018jmjd6 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Gardini2014integrator | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Gibson2016chemical | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Godfrey2017mll | TT-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | No |
Guan2018diet | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Hah2011rapid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Hah2013enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Hah2015inflammation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | No | No | No | No |
Harman2021invivo | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | Yes | Yes | No | Yes | No |
Heinaniemi2016transcription | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Heinz2013effect | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Herold2019recruitment | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Hetzel2016nascent |
GRO-seq, GRO-cap |
A. thaliana | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
Hong2017dissociation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | Yes | Yes | No | No |
Horibata2018erpositive | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
Hou2019paf1c | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
Hu2012dicer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Huang2020integrator | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Ikegami2020phosphorylated | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Illingworth2016polycomb | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | Yes |
Incarnato2017vivo | other | E. coli | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Jaeger2020selective |
PRO-seq, TT-seq |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
Jager2016nuclear | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Ji2011transcriptional | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Ji2013sr | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Jiang2018multi | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | No | No | Yes |
Jin2013high | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | No |
Jin2014chem | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Johnson2017biotin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
Johnston2020nascent | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Jones2023unpublished | PRO-seq | H. sapiens | No | 3.0 | No | No | No | No | No |
Jonkers2014genome | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Judd2020unpublished |
PRO-seq, PRO-seq variant |
H. sapiens | No | 3.5 | No | No | No | No | No |
Judd2021pioneer | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
Kaikkonen2013remodeling | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Kaikkonen2014control | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | No |
Kaikkonen2017genome | GRO-seq | S. scrofa | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Kantidakis2016mutation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
Kelly2020unpublished | PRO-seq | M. musculus | No | 2.0 | No | No | No | No | Yes |
Khodor2011nascent | RNA-seq variant | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
Kim2018pluripotency | PRO-cap | M. musculus | Yes | 4.5 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
Kloetgen2020three | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
Komarov2020epigenetic | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
Korkmaz2019crispr | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Kourtis2018oncogenic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Kriaucionis2019unpublished |
PRO-cap, PRO-seq |
H. sapiens | No | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Kristjansdottir2020population |
PRO-cap, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Kruesi2013condensin |
GRO-seq, GRO-cap |
C. elegans | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | No |
Kuosmanen2018nrf2 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | Yes | No | No | Yes |
Kwak2013precise |
PRO-cap, PRO-seq |
D. melanogaster | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Kwon2017locus | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Lai2020directed | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
Laitem2015cdk9 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Lam2013rev |
GRO-cap, GRO-seq |
M. musculus | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | No |
Larschan2011x | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Le2013mapping | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Leroy2019ledgf | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Leveille2015genome | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
Li2013functional | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Li2013ncor | GRO-seq | M. musculus | Yes | 5.0 | No | No | Yes | No | No |
Li2015condensin | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Li2017grid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | Yes |
Li2018lncrna | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Li2020human | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Li2020signalosome | PRO-seq | R. norvegicus | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Li2021comprehensive | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | No | No | No |
Liang2018targeting | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Lin2012global | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | No | Yes | Yes | No |
Link2018analysis |
GRO-seq, GRO-cap |
M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes |
Linnakuosmanen2020nrf2 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Liu2013brd4 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Liu2014enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Liu2017dynamic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Liu2017identification | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Liu2017transcriptional | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Liu2018arabidopsis | GRO-seq | A. thaliana | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Liu2018rna-directed | GRO-seq | A. thaliana | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Liu2020immediate | GRO-seq | A. thaliana | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
Liu2021transcription | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | No | Yes | No | Yes |
Lloret-llinares2018rna | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Lozano2018rna | PRO-seq |
Z. mays, M. esculenta |
No | 2.5 | No | No | No | No | No |
Lu2017nascent | GRO-seq variant | P. falciparum | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Luo2014dynamic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
Ma2020super | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Magnuson2015identifying | Bru-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Mahat2016mammalian | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
Malinen2017crosstalk | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Marazzi2012suppression | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Mayer2015native | NET-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
Mckinlay2011genome | PRO-seq | S. cerevisiae | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
Meng2014convergent | GRO-seq |
M. musculus, H. sapiens |
Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Meyerswallen2017xx | ChRO-seq | C. lupus familiaris | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Miller2015senataxin | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
Min2011regulating | GRO-seq | M. musculus | Yes | 5.0 | No | No | No | No | No |
Mohn2014rhino | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 4.5 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Moreau2018transcriptional | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
Mukai2020chromatin | ChRO-seq | C. lupus familiaris | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
Murakami2017dynamic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Nair2019phase | GRO-seq |
H. sapiens, M. musculus |
Yes | 1.0 | Yes | No | Yes | Yes | No |
Nelson2018ppar | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Ngoc2017human | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Nguyen2020dichotomous | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Nilson2017oxidative | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | No |
Niskanen2015global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Niskanen2018endothelial | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Nojima2015mammalian |
RNA-seq variant, NET-seq |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
Oh2021enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | Yes | No |
Oittinen2017polycomb | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Orioli2016human | EU-seq | H. sapiens | Yes | 4.5 | No | No | Yes | No | Yes |
Parida2019nucleotide |
PRO-seq, PRO-cap |
H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Parikh2018critical | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Park2020global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | Yes | No |
Parua2018cdk9-pp1 | PRO-seq | S. pombe | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Patel2020robust | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Perreault2019epigenetic | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | Yes |
Phanstiel2017static | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | Yes | No |
Puc2015ligand |
GRO-seq, PRO-cap |
H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | No |
Rahnamoun2017mutant | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Rao2017cohesin | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | No |
Rozhkov2013multiple | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Salony2016akt | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Santoriello2020rna | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Saponaro2014recql5 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | No |
Sasse2019nascent | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
Sathyan2019improved | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Saunders2013extensive | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | No | No | No | No |
Schaaf2013genome | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | No | No | Yes |
Schaukowitch2017intrinsic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
Schick2021acute | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Schoeberl2012biased | GRO-seq | T. thermophila | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
Sen2019histone | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Sendinc2019pcif1 |
PRO-cap, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
Shamie2020unpublished |
GRO-seq, GRO-cap |
C. griseus | No | 4.0 | Yes | Yes | No | No | No |
Sheridan2019widespread |
GRO-seq, Bru-seq, NET-seq |
H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Sienski2012transcriptional | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Sigova2013divergent | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Sigova2015transcription | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Skowronskakrawczyk2014required | GRO-seq | R. norvegicus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Slobodin2017transcription | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | Yes | No | No | Yes |
Smith2021peppro | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
Soccio2015genetic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Steinparzer2019transcriptional |
PRO-seq, GRO-seq |
H. sapiens, M. musculus |
Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
Stender2017structural | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | No |
Stengel2019histone | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Stengel2020definition | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Step2014antidiabetic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | No | No | No | Yes |
Strikoudis2016regulation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Sumida2018ultra | EU-seq | H. sapiens | No | 5.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Sun2017enhancer | GRO-seq | M. musculus | No | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
Takahashi2020role | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Tan2016stress | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Tan2018dismissal |
GRO-seq, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | Yes | No |
Tastemel2017transcription | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | No | No | No | No |
Telese2015lrp8 | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | Yes | Yes | Yes | No |
Tena2020induction | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
Teppo2016genome | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Thomas2019interaction | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Tome2018single | PRO-cap variant |
M. musculus, H. sapiens |
Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Toropainen2016global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
Trizzino2018tumor | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Ueberschar2019ben | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
Vaid2020release | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
Veloso2013genome-wide | Bru-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | No | No | No |
Vian2018energetics |
RNA-seq variant, GRO-seq |
M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
Vihervaara2017transcriptional | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | No |
Vihervaara2021stress | PRO-seq |
H. sapiens, M. musculus |
Yes | 4.0 | Yes | No | No | No | No |
Viiri2019extensive | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
Wan2020h2bg53d | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | No | No | Yes |
Wang2011reprogramming | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Wang2014rna |
GRO-seq, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Wang2015epigenetic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Wang2015lsd1n | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Wang2015molecular | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
Wang2017cell | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | No | No | No | Yes |
Wang2018nascent | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
Wang2019identification | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | No | No | No | No |
Wang2020increased | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
Wang2020proapoptotic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
Wei2016long | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | No | No | Yes |
Wei2016rbfox2 | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | Yes |
Weissmiller2019inhibition | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | Yes | No | Yes | No | No |
Williams2015pausing | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Williamson2017uv | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Woo2018ted | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
Wu2017indentifying | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.5 | No | No | No | No | No |
Xiao2019pervasive | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | Yes | No |
Yang2013lncrna | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | Yes |
Yang2017glucocorticoid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Yu2015panoramix | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Yu2020negative | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
Zhang2015enhancer | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
Zhang2016regulation | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
Zhang2017hepatic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | Yes |
Zhang2018timing | PRO-seq variant | H. sapiens | No | 2.0 | No | No | No | No | No |
Zhang2019arerg | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | Yes | No |
Zhang2019fundamental | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | Yes |
Zhang2020bcatenin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 5.0 | Yes | Yes | No | No | No |
Zhang2021physiological | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | No | Yes | Yes |
Zhao2016high | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | No | No | Yes |
Zhao2019myod | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
Zhu2017comprehensive | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
Zhu2018rna |
NET-seq, GRO-seq |
A. thaliana | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
Zhu2019non | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | Yes | No | No |
Zhu2021calcium | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | Yes | No | Yes | Yes | No |