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| Paper identifier | Protocols | Organisms | Published | Median QC score |
ATAC-seq | RNA-seq | ChIP-seq | 3D seq | Other seq |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Aeby2020decapping | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
| Agarwal2021kdm1a |
Bru-seq, GRO-seq |
M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Aho2019displacement | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Akulenko2018transcriptional | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | No | No | Yes |
| Alexander2019imprinted | PRO-seq | M. musculus | No | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Alhusini2017genomewide | GRO-seq | S. cerevisiae | Yes | 4.5 | No | No | No | No | No |
| Allen2014global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | Yes |
| Anderson2020defining | PRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Andersson2014nuclear | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
| Andrade2015dna | Bru-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | No | No | No |
| Andrysik2017identification | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Aoi2020nelf |
PRO-seq, PRO-cap |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Aprile-garcia2019nascent | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | No |
| Ba2020ctcf | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | Yes |
| Bahat2019targeting | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Barbieri2020rapid | GRO-seq variant | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
| Barucci2020small | PRO-seq | C. elegans | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Beckedorff2020human | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
| Bi2020enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Birkenheuer2018herpes | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
| Birkenheuer2020rna | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
| Blumberg2021characterizing | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
| Boija2017cbp | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | Yes |
| Bonelt2019precocious | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Booth2016divergence |
PRO-cap, PRO-seq |
S. cerevisiae, S. pombe |
Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
| Booth2018cdk9 | PRO-seq | S. pombe | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Bouvyliivrand2017analysis | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Boxer2020mecp2 | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
| Busslinger2017cohesin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Cardamone2018mitochondrial | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | No |
| Cecere2013zfp1 | GRO-seq | C. elegans | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Cecere2014global | GRO-seq | C. elegans | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Chen2014gene | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Chen2015paf1 |
GRO-seq, RNA-seq variant |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Chen2016cutoff | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Chen2017rchip | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Chen2018augmented | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Chen2018rna | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.5 | No | No | No | No | Yes |
| Chivu2020unpublished | ChRO-seq |
H. sapiens, E. caballus |
No | 0.0 | Yes | No | Yes | No | Yes |
| Chu2018chromatin |
ChRO-seq, ChRO-seq variant, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
| Compagno2017phosphatidylinositol | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | No | No | No | Yes |
| Core2008nascent | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Core2012defining | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Core2014analysis |
GRO-seq, PRO-seq, GRO-cap |
H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | No | No | No |
| Cosby2021recurrent | PRO-seq | M. velifer | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Cuartero2020control | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | Yes | No |
| Czimmerer2018transcription | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Dai2020loop | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | Yes |
| Daniel2018nuclear | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Danko2013signaling | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Danko2015identification | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Danko2018dynamic | PRO-seq |
H. sapiens, M. mulatta, M. musculus, P. troglodytes, R. norvegicus |
Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Delgado-benito2018chromatin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Dorighi2017mll3 | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
| Douillet2020uncoupling | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Duarte2016transcription | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
| Dukler2017nascent | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
| Duttke2015human |
GRO-cap, GRO-seq |
H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Duttke2017unpublished |
GRO-cap, GRO-seq |
D. melanogaster | No | 3.5 | No | No | No | No | No |
| Elkon2015myc | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Elrod2019integrator | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Emmett2017histone | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Engreitz2016local | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Erhard2015nascent | GRO-seq | Z. mays | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Escoubet-lozach2011mechanisms | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Esousa2019kinetics | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
| Estaras2015smad | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Etchegaray2019histone | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Fan2020drb |
PRO-seq, TT-seq, other |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Fang2014circadian | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | Yes |
| Fant2020tfiid | PRO-seq |
H. sapiens, D. melanogaster |
Yes | 3.5 | No | No | No | No | No |
| Fei2018ndf | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Fleischer2017dna | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | No | No | Yes |
| Flynn20167skbaf | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | Yes | No | Yes | No | Yes |
| Fong2014pre | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
| Fong2017rna | NET-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | No |
| Fonseca2019diverse | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | No |
| Franco2015tnfalpha | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
| Franco2018enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Fuda2012fcp1 | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 4.5 | No | No | No | No | No |
| Fuda2015gaga | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Galbraith2013hif1a | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Gally2020gain | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | Yes | No | No | No | Yes |
| Gao2017thyroid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Gao2018jmjd6 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Gardini2014integrator | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Gibson2016chemical | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Godfrey2017mll | TT-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | No |
| Guan2018diet | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Hah2011rapid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Hah2013enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Hah2015inflammation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | No | No | No | No |
| Harman2021invivo | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | Yes | Yes | No | Yes | No |
| Heinaniemi2016transcription | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Heinz2013effect | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Herold2019recruitment | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Hetzel2016nascent |
GRO-seq, GRO-cap |
A. thaliana | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
| Hong2017dissociation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.5 | No | Yes | Yes | No | No |
| Horibata2018erpositive | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
| Hou2019paf1c | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
| Hu2012dicer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Huang2020integrator | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Ikegami2020phosphorylated | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Illingworth2016polycomb | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | Yes |
| Incarnato2017vivo | other | E. coli | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Jaeger2020selective |
PRO-seq, TT-seq |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
| Jager2016nuclear | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Ji2011transcriptional | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Ji2013sr | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Jiang2018multi | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | No | No | Yes |
| Jin2013high | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | No |
| Jin2014chem | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Johnson2017biotin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
| Johnston2020nascent | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Jones2023unpublished | PRO-seq | H. sapiens | No | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Jonkers2014genome | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Judd2020unpublished |
PRO-seq, PRO-seq variant |
H. sapiens | No | 3.5 | No | No | No | No | No |
| Judd2021pioneer | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
| Kaikkonen2013remodeling | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Kaikkonen2014control | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | No |
| Kaikkonen2017genome | GRO-seq | S. scrofa | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Kantidakis2016mutation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
| Kelly2020unpublished | PRO-seq | M. musculus | No | 2.0 | No | No | No | No | Yes |
| Khodor2011nascent | RNA-seq variant | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
| Kim2018pluripotency | PRO-cap | M. musculus | Yes | 4.5 | Yes | Yes | Yes | No | Yes |
| Kloetgen2020three | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
| Komarov2020epigenetic | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
| Korkmaz2019crispr | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Kourtis2018oncogenic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Kriaucionis2019unpublished |
PRO-cap, PRO-seq |
H. sapiens | No | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Kristjansdottir2020population |
PRO-cap, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Kruesi2013condensin |
GRO-seq, GRO-cap |
C. elegans | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | No |
| Kuosmanen2018nrf2 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | Yes | No | No | Yes |
| Kwak2013precise |
PRO-cap, PRO-seq |
D. melanogaster | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Kwon2017locus | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Lai2020directed | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
| Laitem2015cdk9 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Lam2013rev |
GRO-cap, GRO-seq |
M. musculus | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | No |
| Larschan2011x | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Le2013mapping | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Leroy2019ledgf | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Leveille2015genome | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
| Li2013functional | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Li2013ncor | GRO-seq | M. musculus | Yes | 5.0 | No | No | Yes | No | No |
| Li2015condensin | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Li2017grid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | No | No | Yes |
| Li2018lncrna | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Li2020human | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Li2020signalosome | PRO-seq | R. norvegicus | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Li2021comprehensive | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | No | No | No |
| Liang2018targeting | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Lin2012global | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | No | Yes | Yes | No |
| Link2018analysis |
GRO-seq, GRO-cap |
M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | Yes | Yes |
| Linnakuosmanen2020nrf2 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Liu2013brd4 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Liu2014enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Liu2017dynamic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Liu2017identification | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Liu2017transcriptional | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Liu2018arabidopsis | GRO-seq | A. thaliana | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Liu2018rna-directed | GRO-seq | A. thaliana | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Liu2020immediate | GRO-seq | A. thaliana | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
| Liu2021transcription | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | No | Yes | No | Yes |
| Lloret-llinares2018rna | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Lozano2018rna | PRO-seq |
Z. mays, M. esculenta |
No | 2.5 | No | No | No | No | No |
| Lu2017nascent | GRO-seq variant | P. falciparum | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Luo2014dynamic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
| Ma2020super | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Magnuson2015identifying | Bru-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Mahat2016mammalian | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
| Malinen2017crosstalk | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Marazzi2012suppression | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Mayer2015native | NET-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | No | No | No |
| Mckinlay2011genome | PRO-seq | S. cerevisiae | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
| Meng2014convergent | GRO-seq |
M. musculus, H. sapiens |
Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Meyerswallen2017xx | ChRO-seq | C. lupus familiaris | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Miller2015senataxin | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
| Min2011regulating | GRO-seq | M. musculus | Yes | 5.0 | No | No | No | No | No |
| Mohn2014rhino | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 4.5 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Moreau2018transcriptional | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
| Mukai2020chromatin | ChRO-seq | C. lupus familiaris | Yes | 4.0 | No | No | No | No | No |
| Murakami2017dynamic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Nair2019phase | GRO-seq |
H. sapiens, M. musculus |
Yes | 1.0 | Yes | No | Yes | Yes | No |
| Nelson2018ppar | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Ngoc2017human | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Nguyen2020dichotomous | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Nilson2017oxidative | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | No |
| Niskanen2015global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Niskanen2018endothelial | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Nojima2015mammalian |
RNA-seq variant, NET-seq |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
| Oh2021enhancer | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | Yes | No |
| Oittinen2017polycomb | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Orioli2016human | EU-seq | H. sapiens | Yes | 4.5 | No | No | Yes | No | Yes |
| Parida2019nucleotide |
PRO-seq, PRO-cap |
H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Parikh2018critical | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Park2020global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | Yes | No |
| Parua2018cdk9-pp1 | PRO-seq | S. pombe | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Patel2020robust | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Perreault2019epigenetic | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | Yes |
| Phanstiel2017static | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | Yes | No |
| Puc2015ligand |
GRO-seq, PRO-cap |
H. sapiens | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | No |
| Rahnamoun2017mutant | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Rao2017cohesin | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | No |
| Rozhkov2013multiple | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Salony2016akt | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Santoriello2020rna | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Saponaro2014recql5 | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | No | Yes | No | No |
| Sasse2019nascent | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | No | No |
| Sathyan2019improved | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Saunders2013extensive | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | No | No | No | No |
| Schaaf2013genome | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | No | No | No | No | Yes |
| Schaukowitch2017intrinsic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
| Schick2021acute | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Schoeberl2012biased | GRO-seq | T. thermophila | Yes | 5.0 | No | Yes | No | No | No |
| Sen2019histone | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Sendinc2019pcif1 |
PRO-cap, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
| Shamie2020unpublished |
GRO-seq, GRO-cap |
C. griseus | No | 4.0 | Yes | Yes | No | No | No |
| Sheridan2019widespread |
GRO-seq, Bru-seq, NET-seq |
H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Sienski2012transcriptional | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Sigova2013divergent | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Sigova2015transcription | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Skowronskakrawczyk2014required | GRO-seq | R. norvegicus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Slobodin2017transcription | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.5 | No | Yes | No | No | Yes |
| Smith2021peppro | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
| Soccio2015genetic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Steinparzer2019transcriptional |
PRO-seq, GRO-seq |
H. sapiens, M. musculus |
Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
| Stender2017structural | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | No | No |
| Stengel2019histone | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Stengel2020definition | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Step2014antidiabetic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | No | No | No | Yes |
| Strikoudis2016regulation | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Sumida2018ultra | EU-seq | H. sapiens | No | 5.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Sun2017enhancer | GRO-seq | M. musculus | No | 1.0 | No | Yes | No | No | No |
| Takahashi2020role | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Tan2016stress | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Tan2018dismissal |
GRO-seq, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | Yes | No |
| Tastemel2017transcription | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | Yes | No | No | No | No |
| Telese2015lrp8 | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | Yes | Yes | Yes | No |
| Tena2020induction | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
| Teppo2016genome | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Thomas2019interaction | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Tome2018single | PRO-cap variant |
M. musculus, H. sapiens |
Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Toropainen2016global | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
| Trizzino2018tumor | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Ueberschar2019ben | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 4.0 | No | Yes | Yes | No | Yes |
| Vaid2020release | PRO-seq | D. melanogaster | Yes | 3.0 | Yes | Yes | Yes | No | No |
| Veloso2013genome-wide | Bru-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | No | No | No |
| Vian2018energetics |
RNA-seq variant, GRO-seq |
M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
| Vihervaara2017transcriptional | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | No |
| Vihervaara2021stress | PRO-seq |
H. sapiens, M. musculus |
Yes | 4.0 | Yes | No | No | No | No |
| Viiri2019extensive | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Wan2020h2bg53d | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | Yes | No | No | Yes |
| Wang2011reprogramming | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Wang2014rna |
GRO-seq, PRO-seq |
H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Wang2015epigenetic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Wang2015lsd1n | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Wang2015molecular | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | No | No | No |
| Wang2017cell | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.0 | No | No | No | No | Yes |
| Wang2018nascent | PRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | No | No | No |
| Wang2019identification | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | Yes | No | No | No | No |
| Wang2020increased | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | No | No | Yes |
| Wang2020proapoptotic | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | No | Yes | No | No |
| Wei2016long | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | No | No | Yes |
| Wei2016rbfox2 | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | Yes |
| Weissmiller2019inhibition | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | Yes | No | Yes | No | No |
| Williams2015pausing | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Williamson2017uv | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Woo2018ted | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.0 | No | Yes | No | No | Yes |
| Wu2017indentifying | GRO-seq | M. musculus | Yes | 4.5 | No | No | No | No | No |
| Xiao2019pervasive | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 4.0 | No | No | Yes | Yes | No |
| Yang2013lncrna | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | No | Yes | No | Yes |
| Yang2017glucocorticoid | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Yu2015panoramix | GRO-seq | D. melanogaster | Yes | 5.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Yu2020negative | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | Yes | No | No |
| Zhang2015enhancer | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | No | Yes | No | No |
| Zhang2016regulation | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 3.0 | No | No | Yes | No | No |
| Zhang2017hepatic | GRO-seq | M. musculus | Yes | 2.5 | No | No | Yes | No | Yes |
| Zhang2018timing | PRO-seq variant | H. sapiens | No | 2.0 | No | No | No | No | No |
| Zhang2019arerg | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 2.0 | No | Yes | No | Yes | No |
| Zhang2019fundamental | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | Yes | Yes | Yes |
| Zhang2020bcatenin | GRO-seq | M. musculus | Yes | 5.0 | Yes | Yes | No | No | No |
| Zhang2021physiological | GRO-seq | M. musculus | Yes | 1.0 | No | No | No | Yes | Yes |
| Zhao2016high | PRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | No | No | Yes |
| Zhao2019myod | PRO-seq | M. musculus | Yes | 2.0 | No | Yes | No | No | No |
| Zhu2017comprehensive | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | No | Yes | Yes | Yes | Yes |
| Zhu2018rna |
NET-seq, GRO-seq |
A. thaliana | Yes | 3.0 | No | Yes | No | No | No |
| Zhu2019non | GRO-seq | H. sapiens | Yes | 1.5 | No | Yes | Yes | No | No |
| Zhu2021calcium | GRO-seq | M. musculus | Yes | 3.5 | Yes | No | Yes | Yes | No |